תפקידה של המעבדה המיקרוביולוגית - לאבחן את הגורמים השונים למחלות זיהומיות, לקחת חלק בבקרת המחלות הזיהומיות הנרכשות הן בקהילה והן בין כותלי המרכז הרפואי. המעבדה עוסקת בבידוד ואבחון חיידקים מתרביות דם; צואה; מערכת נשימה, מוגלה מפצעים, כולל פצעי ניתוח, תרביות עיניים וגרון. לאחר בידוד החיידקים, מבצעים מבחן רגישות לחומרים אנטיביוטיים שונים על מנת לקבוע את הטיפול היעיל ביותר לחולה.